Святой Филипп, изначально названный Феодор, родился в знатном роде бояр Колычевых. Он был первым сыном боярина и благочестивой Варвары. С детства Феодор с любовью увлекался священными текстами, проявлял кротость и степенность, избегая развлечений. Из-за высокого происхождения часто посещал царский двор, оставляя сильное впечатление на сверстника, царя Иоанна.

Следуя отцовскому примеру, Феодор начал военную службу, хотя его сердце не лежало к благам мира. Вопреки обычаям того времени, он откладывал свадьбу до 30 лет. Однажды, в церкви в воскресный день, его тронули слова Спасителя, и он услышал призыв к отшельничеству. Тайно покинув Москву в одежде простолюдина, он отправился в Соловецкую обитель. В течение девяти лет он трудился как послушник, работая на огороде, в кузнице и пекарне. Затем, по общему желанию, его поставили в пресвитера и игумена.

Игумен Филипп заботился о благосостоянии обители, улучшая их материальное и моральное положение. Он осушил болота, построил храмы, устроил больницу и скиты для тех, кто стремится к молчанию. Он написал новый устав, запрещающий праздность.

Вызванный в Москву для духовного совета, Филипп узнал, что ему предназначена кафедра митрополита. Со слезами он умолял царя не отрывать его от пустыни. Но Иоанн настаивал, и Филипп, в уважение к самодержавию царя, согласился.

В начале священства Филиппа утихли угрозы опричнины, но вскоре возобновились грабежи и убийства. Попытки убедить царя привели к открытой конфронтации. 21 марта 1568 года, в Крестопоклонную Неделю, Филипп стоял в храме, когда Иоанн с опричниками ворвался в церковь. На требование царя благословения, Филипп ответил, что не узнает царя в такой странной одежде и обвинил его в несправедливостях и кровопролитии. Разгневанный Иоанн покинул церковь, но затаил злобу.

28 июля, в день Смоленской иконы Божией Матери Одигитрии, святитель Филипп совершил службу в Новодевичьем монастыре и провел крестный ход вокруг монастырских стен в сопровождении царя и опричников. В ходе службы он заметил опричника, стоявшего за царем в татарской шапке, и указал на него Иоанну. В ответ виновник ситуации снял и спрятал шапку. Это стало предпосылкой для ложных обвинений в ложь, предназначенных унизить царя перед народом. Иоанн приказал судить Филиппа, и несмотря на ложные обвинения, его осудили к лишению кафедры.

8 ноября, в день Архангела Михаила, святитель в последний раз служил в Успенском соборе. Внезапно боярин Басманов в сопровождении опричников вошел в храм и приказал прочесть бумагу, объявлявшую, что митрополит теряет свою должность. Митрополита обвинили в неверности перед царем, и в тот же момент опричники обнажили его и вывели из храма. Говорили, что царь хотел сжечь мученика на костре, но по молитвам духовенства он был приговорен к пожизненному заключению. В это же время были казнены многие родственники Филиппа.

Через год царь, сопровождаемый опричниками, направился в Отрочий монастырь, где святитель Филипп был лишен своей жизни. За три дня до своей кончины он предсказал свою смерть и готовился к ней, принимая Святые Таинства. Малюта Скуратов, один из опричников, подошел к нему с лживым смирением и задушил его. Мощи святителя были погребены в Отрочьем монастыре в Твери.

В 1652 году Никон предложил перенести мощи святителя Филиппа, а также мощи патриархов Иова и Ермогена в Москву. Это предложение было удовлетворено, и мощи святителя были перенесены в Московский Успенский собор. В 1652 году святитель Филипп был возвращен на свой престол, и его мощи были торжественно открыты в Преображенском соборе. Крест был установлен на месте встречи мощей, и это место стало известно как Крестовская застава в Москве.